Trong suốt thời gian chỉ huy lực lượng SS ở Pháp và Balkan, Wilhelm Mohnke bị cáo buộc liên quan đến nhiều vụ lùng bắt và hành quyết các tù binh chiến tranh phe Đồng Minh.

Mohnke bị cáo buộc ra lệnh cho lính SS của Đại đội 7 tại Esquelbecq, Hauts-de-France, Pháp dồn 80 tù binh là lính Anh thuộc "Trung đoàn Hoàng gia Warwickshire", "Trung đoàn Cheshire" và "Trung đoàn Pháo binh Hoàng gia" vào một nhà kho rồi sát hại họ bằng lựu đạn và súng máy.[3]

Trong khi chống lại cuộc đổ bộ của quân Đồng Minh lên Normandie, ngày 7 tháng 6 năm 1944, các đơn vị thuộc trung đoàn của Mohnke đã bắn chết 36 tù binh Canada ở Fontenay-le-Pesnel, tỉnh Calvados. Vào ngày 8 tháng 6, Tiểu đoàn 2 thuộc trung đoàn của Mohnke, dưới sự chỉ huy của Obersturmbannführer Bernhard Siebken, đã bắn ba tù nhân chiến tranh Canada trong trận Le Mesnil-Patry.[4]